Badan Perencanaan Pembangunan Daerah (Bappeda) Kota Lhokseumawe terbentuk setelah disahkannya Kota Lhokseumawe sebagai Pemerintahan Kota Lhokseumawe, yaitu ditandai dengan keluarnya Undang-Undang Nomor 2 Tahun 2001 tentang Pembentukan Kota Lhokseumawe (Lembaran Negara Republik Indonesia Tahun 2001 Nomor 82, Tambahan Lembaran Negara Republik Indonesia Nomor 4109) pada tanggal 1 Juni 2001.

Selanjutnya, Bappeda dijadikan sebagai salah satu Badan dalam lingkup Pemerintah Kota Lhokseumawe, hal ini sesuai dengan Keputusan Walikota Lhokseumawe Nomor 04 Tahun 2001 tentang Pembentukan Susunan Organisasi dan Tata Kerja Pemerintah Kota Lhokseumawe, yang selanjutnya ditegaskan kembali dalam Qanun Kota Lhokseumawe Nomor 13 Tahun 2007 tentang Susunan Organisasi dan Tata Kerja Dinas, Lembaga Teknis Daerah, dan Kecamatan Kota Lhokseumawe.